Đầu cuộc chiến

Ngày 7 tháng 10 năm 2001, sau khi Taliban nhiều lần thách thức từ chối giao nộp bin Laden, Hoa Kỳ và các đồng minh bắt đầu oanh kích ban ngày từ trên không, chống lại các cơ sở quân sự và các doanh trại huấn luyện quân khủng bố Afghanistan. Năm tuần sau, với không quân Hoa Kỳ giúp đỡ, Liên minh phương Bắc xoay xở bằng tốc độ ngoạn mục, lấy lại các thành phố nòng cốt Mazar-i-Sharif và thủ đô Kabul. Ngày 7 tháng 12, chế độ Taliban sụp đổ hoàn toàn, khi quân sĩ bỏ trốn khỏi pháo lũy phòng thủ cuối cùng. Tuy nhiên các thành viên Al-Qeda và thành viên Moudjahid khác từ các bộ phận khác nhau của thế giới Hồi giáo, từng chiến đấu trong hàng ngũ Taliban còn sống sót trong những ổ kháng cự dữ tợn trước kia, buộc Hoa Kỳ và các đồng minh phải hiện diện ở Afghanistan. Osama Bin Laden - trùm khủng bố hiện tại bị tiêu diệt.,lãnh tụ Taliban Mullah Muhammad Omar vẫn chưa bị bắt, tuy nhiên đến ngày 29 tháng 7 năm 2015, Omar được xác định đã chết vào ngày 24 tháng 4 năm 2013[109]

Chính phủ mới

Tháng 12 năm 2001, Hamid Karzai, một người Pastun (nhóm dân tộc chiếm đa số trong xứ) và lãnh tụ của thị tộc có 500.000 người dân quân hùng mạnh, được mời gọi làm người đứng đầu chính quyền lâm thời của Afghanistan. Tháng 6 năm 2002, ông chính thức trở thành Tổng thống Afghanistan. Hoa Kỳ duy trì xấp xỉ 12.000 quân để đánh lại các tàn dư Taliban và al-Qaeda, và khoảng 31 nước cũng đóng góp vào các lực lượng gìn giữ hòa bình do Liên Hợp Quốc đứng đầu. Năm 2003, sau khi Hoa Kỳ bỏ lực lượng quân sự chuyển sang chiến tranh Iraq, những cuộc tấn công vào quân lực do Hoa Kỳ cầm đầu trở nên mạnh hơn, khi phe Taliban và al-Qaeda tụ tập lại.

Tổng thống Hamid Karzai nắm quyền vững bền, khi các lãnh tụ chiến tranh ở đào hầm hố vẫn tiếp tục thi thố kiểm soát trong vùng. Tuy nhiên, đáng chú ý nhất là những cuộc bầu cử tổng thống dân chủ đầu tiên của Afghanistan vào tháng 10 năm 2002bộc lộ rõ ràng một thành công. Mười triệu người Afghanistan, hơn một phần ba đất nước đã được ghi tên bầu cử, kể cả hơn 40% các phụ nữ chọn lựa. Karzai được tuyên bố là người thắng cử tháng 11, và chiếm 55% số phiếu cử tri, và nhiệm kỳ bắt đầu vào tháng 12.

Loạn Taliban

Tháng 9 năm 2005, Afghanistan cho tổ chức các cuộc bầu cử nghị viện dân chủ đầu tiên trong hơn 25 năm.

Phe Taliban tiếp tục tấn công quân lính Hoa Kỳ suốt năm 2005 và 2006. Năm 2006là năm chết chóc nhiều nhất cho quân lính Hoa Kỳ, từ khi chiến tranh bắt đầu năm 2001. Năm 2004 và 2005, mức độ quân Mỹ tại Afghanistan dần tăng lên đến gần 18.000 từ số thấp là 10.000. Suốt mùa xuân 2006, quân lính Taliban - đó là một lực lượng có nhiều ngàn người – xâm nhập vào Nam Afghanistan, khủng bố dân làng địa phương và tấn công cả quân Afghanistan lẫn Hoa Kỳ.

Liên quân tại miền nam

Vào tháng 5 và 6, 2006, chiến dịch Mount Thrust thực hiện, triển khai hơn 10.000 quân Afghanistan và liên quân tại miền Nam. Khoảng 700 người, trong đó hầu hết là quân Taliban bị giết chết. Tháng 8, 2006, quân NATO tổ chức những cuộc hành quân ở Nam Afghanistan với liên minh do Hoa Kỳ dẫn đầu. Đây là sứ mệnh Afghanistan của NATO mà có ai đó coi là nguy hiểm nhất mà NATO đảm lãnh trong lịch sử 57 năm.

Liên quân công kích

Phe Taliban tăng cường tấn công mạnh mẽ hơn vào cuối năm 2006 và sang năm 2007 với các binh sĩ vượt vào miền Đông Afghanistan từ các khu vực bộ tộc của Pakistan. Chính quyền Pakistan không nhận là tình báo của nước này đã yểm trợ binh sĩ Hồi giáo dù có những báo cáo trái ngược từ các nhà ngoại giao và thông tấn phương Tây. Mullah Dadullah, chỉ huy hành quân hàng đầu của Taliban từng tổ chức ám sát và bắt cóc, bị giết chết trong cuộc tấn công ở tỉnh Helmand vào tháng 5 năm 2007 do lực lượng an ninh Afghanistan, quân NATO và binh lính Mỹ cùng thực hiện.

Taliban chiếm phủ tổng thống Afghanistan, tuyên bố 'chiến tranh kết thúc'

Trong tuyên bố đăng trên trang Facebook chính thức ngày 15-8 (giờ địa phương), Tổng thống Afghanistan - ông Ashraf Ghani đã chính thức xác nhận lực lượng Taliban đã giành chiến thắng cuộc nội chiến gần 20 năm ở nước này

Người đứng đầu văn phòng chính trị Taliban và đồng sáng lập Mullah Abdul Ghani Baradar tuyên bố chiến thắng ở Afghanistan.

Trong tuyên bố qua video hôm 15/8, Mullah Abdul Ghani Baradar nói việc chứng kiến tất cả các thành phố lớn của Afghanistan thất thủ trong vòng một tuần, là "chiến thắng bất ngờ", nhanh chóng và chưa từng có.

Theo The Guardian, Taliban được cho là sẽ chính thức tuyên bố nắm quyền kiểm soát đất nước và trở thành "Tiểu vương quốc Hồi giáo Afghanistan".